Фамилия Пахутов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пахутов послужило церковное имя Павел. Вероятно, Пахута — это уменьшительная форма имени Павел, которое в переводе с латинского означает «малый». Следует отметить, что фамилия Пахутов, вероятно, образовалась не напрямую от имени Пахута, а через его усеченную форму Пахут, которая встречается на Украине. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пахута, со временем получил фамилию Пахутов. О точном месте и времени возникновения фамилии Пахутов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пахутов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.