Фамилия Пахуткин — редкая и по-своему загадочная. Её основа, Пахутк(а), не встречается ни в современных словарях личных имён, ни в распространённых прозвищах. Чтобы понять её происхождение, нужно присмотреться к словообразовательной модели и возможным диалектным корням.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который присоединялся к основам на -а, -я. Пахуткин — значит «сын (или потомок) Пахутки». Само слово «Пахутка» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от какого-то личного имени или прозвища. Здесь есть два основных пути.

Первый и самый вероятный — связь с каноническим именем Пахомий. В народной речи это имя давало множество производных: Пахом, Пахомка, а также Пахута. От «Пахуты» легко могла возникнуть ещё более ласковая форма «Пахутка». В этом случае фамилия Пахуткин — вариант более известных Пахомов, Пахомкин, Пахутин. Такая цепочка (Пахомий → Пахута → Пахутка → Пахуткин) логична и не требует привлечения редких слов.

Второй путь — связь с диалектным глаголом «пахать» или его производными. В некоторых говорах «пахутка» могло обозначать нечто, связанное с пахотой: либо небольшой участок земли, либо, в переносном смысле, самого крестьянина-земледельца. Однако эта версия слабее: для образования фамилии от глагола обычно берут более употребительные формы вроде Пахарь, Пахотный. Форма «Пахутка» для прозвища пахаря звучит неестественно.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где имя Пахомий было распространено шире, чем на севере. Носители Пахуткиных — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по имени или прозвищу своего предка. Сословная принадлежность здесь не прослеживается: фамилия на -ин типична для всех слоёв населения, кроме высшей аристократии. Спор о корне (Пахомий или пахота) решается в пользу имени — оно даёт более естественное объяснение и для основы, и для уменьшительного суффикса.