Фамилия Пахутко звучит на украинский или белорусский лад: суффикс -ко характерен для западнорусских земель, где он заменял великорусское окончание -ов/-ев. В основе лежит имя или прозвище Пахут, которое, скорее всего, является производной формой от крестильного имени Пахомий. Пахомий (греч. Pachomios) в переводе означает «широкоплечий» или «толстый», и в народной речи имя сократили до Пахут, добавив уменьшительный или фамильярный оттенок. В белорусских говорах есть и другое объяснение: слово «пахут» могло означать нечто лёгкое, пушистое или даже намёк на запах, но для фамилии версия с каноническим именем выглядит надёжнее — такие случаи массово описаны в трудах Б. Унбегауна, где суффикс -ут (Пахут, Махут, Левут) выделяется как один из способов образования народных форм от церковных имён.

Сам суффикс -ко в фамилии Пахутко — не просто окончание, а патронимический показатель, который в XVI–XVII веках активно использовали на территории современной Украины, Беларуси и юго-западных областей России. Он отвечал на вопрос «чей?»: Пахутко буквально значило «сын Пахута» или «человек из рода Пахута». В отличие от русских фамилий на -ов, которые закрепились за крестьянами и мещанами, фамилии на -ко в Речи Посполитой носили и казаки, и шляхта, и крестьяне, поэтому по одной фамилии сословие предков не определить — нужно смотреть на местные переписи.

Географически Пахутко встречается преимущественно в западных областях Беларуси (Брестская, Гродненская), а также на Волыни и в Подляшье. Это объясняется тем, что имя Пахомий было особенно популярно в православных и греко-католических общинах, а суффикс -ко закрепился именно в этих диалектах. В русских губерниях за пределами запада фамилия редка: если и встречается, то, скорее всего, как результат переселения в XIX–XX веках.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пахомов, Пахомовский, Пахута — показывает, что Пахутко стоит ближе к белорусской модели, где ударение падает на последний слог, а основа остаётся без наращения. В документах XVIII века можно найти варианты написания: Пахутко, Пахутков, Пахуткевич, но форма без -вич прижилась как самая краткая и бытовая. Никаких «известных носителей» в энциклопедиях не зафиксировано — это рядовая фамилия, типичная для своего региона, и её ценность именно в том, что она сохраняет живую память о народной форме крестильного имени, которая почти исчезла из обихода.