Фамилия Пахутова почти наверняка восходит к личному имени Пахута — уменьшительной форме канонического имени Павел. В переводе с латыни Павел значит «малый», «небольшой», и это имя было одним из самых распространённых на Руси после крещения. От него народная традиция создала десятки производных форм: Паша, Павлуша, Паня, а в некоторых говорах — и Пахута. Такое имя-уменьшение давали ребёнку в домашнем кругу, а уже оно закреплялось за человеком на всю жизнь.

Судьба фамилии Пахутова связана с двумя ступенями словообразования. Сначала от имени Пахута возникла его краткая, усечённая форма Пахут, которая и сегодня встречается на Украине как самостоятельное имя или прозвище. А уже от неё, по обычной восточнославянской модели, образовали притяжательное прилагательное: Пахутов — то есть «сын Пахута», «ребёнок Пахута». Так что фамилия отражает не прямой путь от имени, а промежуточную форму, что делает её чуть более редкой и интересной.

Основатель рода Пахутовых, судя по всему, был человеком из простого сословия. В крестьянской и посадской среде фамилии с уменьшительными именами в основе появлялись естественно: так соседи и односельчане называли человека, а затем это прозвище переходило к его детям и внукам. Показательно, что фамилия не получила дворянского оформления с суффиксом -ский и не связана с географическим названием — она чисто «отчественная», патронимическая, что типично для основной массы русского населения.

Суффикс -ов здесь стандартный для фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный. В женском роде он закономерно превращается в -ова, поэтому Пахутова — это буквально «дочь или жена Пахутова». Стоит заметить, что в украинской традиции аналогичная фамилия могла бы писаться как Пахутенко или Пахута, но в русской среде форма с -ов закрепилась и стала самостоятельной.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Пахуту пытаются связать с диалектным глаголом «пахать» или со словом «пах», но эти объяснения выглядят натянутыми: имя собственное Пахута встречается в старых документах именно как производное от Павла, и параллелей с земледелием не прослеживается. Более правдоподобной остаётся связка «Павел — Пахута — Пахут — Пахутов», которая хорошо укладывается в законы народной этимологии и словообразования.

Сегодня фамилия Пахутова распространена нешироко, но её носители встречаются в разных регионах России и на Украине, что подтверждает её общерусские корни. Как и многие фамилии подобного типа, она хранит память о конкретном человеке — возможно, невысоком ростом или младшем в семье, которого в детстве ласково звали Пахутой, а потомки уже навсегда унаследовали это имя как родовое.