Фамилия Пахутский — редкая и не самая прозрачная по смыслу. Её главная особенность — суффикс -ский, который в восточнославянской традиции чаще всего указывает на географическое происхождение или принадлежность к шляхетскому сословию. Однако в данном случае корень — Пахут — не похож на название известного города или села, поэтому не стоит торопиться с выводом о польских корнях.

В основе фамилии, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя Пахут. Оно могло возникнуть от глагола «пахать» или от слова «пахота» — в таком случае прозвище давали усердному земледельцу, крестьянину-труженику. Но есть и другая, более вероятная версия: Пахут — это вариант имени Пахомий (разговорная форма — Пахом). В русских говорах уменьшительные формы вроде Пахутка, Пахута не редкость, а суффикс -ут- (как в Маркут, Якут) придавал имени ласкательный или фамильярный оттенок. Если так, то Пахутский — это «сын Пахута» или «выходец из семьи Пахутов», а фамилию оформили по польско-украинской модели на -ский, что было модно среди православной шляхты и духовенства в XVII–XIX веках.

География фамилии подсказывает, что её носители жили на стыке белорусских, украинских и польских земель — в бывших Гродненской, Минской или Волынской губерниях. Там суффикс -ский не обязательно означал дворянство: его могли присваивать крестьянам и мещанам при переписях просто по названию деревни или по прозвищу отца. Встречается фамилия и в центральной России, но как занесённая мигрантами.

Однокоренных фамилий немного: Пахутин, Пахутов, Пахомов. Но Пахутский стоит особняком — он звучит «по-пански», хотя корень выдаёт крестьянское или церковное происхождение. Спор о том, от «пахать» или от «Пахом», решается в пользу второго: в ономастике больше случаев, когда фамилии на -ский образуются от личных имён, чем от занятий. Если бы предок был пахарем, его бы скорее записали Пахотиным или Пахотниковым. А Пахутский — это, вероятно, «Пахомов сын», только облагороженный суффиксом.