Фамилия Похунков — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов, который просто присоединили к основе. Здесь работает другая модель: суффикс -к- (уменьшительный или уничижительный) плюс фамильный -ов. То есть в основе лежит не полное имя или прозвище, а его производная форма — Похунок. Человек, которого в быту называли Похунком, и стал родоначальником Похунковых.

Что могло значить это прозвище? Самая вероятная версия — связь с глаголом «похать» в одном из его диалектных значений. В северных и сибирских говорах «похать» означало «пахать», но также — «грести, загребать, работать веслом». Похунком могли прозвать крестьянина-землепашца или, что интереснее, гребца на речных судах. Вторая версия, менее распространённая, отталкивается от слова «пох» — в некоторых говорах так называли запах, дух, а «похуня» — человека с резким, неприятным запахом. Но это скорее бытовое, нежели устойчивое прозвище.

Словообразовательный разбор подсказывает, что фамилия не могла возникнуть в центральных областях России с их строгой патронимической системой на -ов/-ев. Форма на -ок (Похунок) характерна для украинской и белорусской традиции, откуда она и могла мигрировать вместе с носителем на восток или север. В русском языке суффикс -к- в прозвищах часто придавал оттенок пренебрежения или, наоборот, фамильярности, но в случае с Похунковым этого не прослеживается — скорее всего, это просто сокращение от более длинного имени (например, от Потап или Поликарп, где первый слог «По» стал основой для уменьшительной формы).

География фамилии сегодня крайне узкая. Похунковы встречаются в основном на юге России (Ростовская область, Краснодарский край) и в некоторых регионах Сибири, куда могли переселиться в ходе аграрных реформ или освоения земель. Никаких дворянских родов или известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это крестьянская или казачья фамилия, образованная от бытового прозвища по занятию или внешнему признаку.