Фамилия Похунов — один из тех случаев, где на первый план выходит не столько значение корня, сколько модель образования и региональное происхождение. Вопреки интуитивному желанию связать её с глаголом «похнуть» (устар. «чахнуть, вянуть»), основа здесь, скорее всего, другая.

Словообразовательная цепочка ведёт к имени или прозвищу Похун. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Похуна». Само же прозвище Похун — это, вероятно, южнорусская или украинская форма от крестильного имени Порфирий (греч. «пурпурный, багряный»). В народной речи «р» часто выпадало или заменялось, а финаль «-фирий» упрощалась до «-хун». Подобные трансформации типичны для диалектов: Порфирий — Порхун — Похун. Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — происхождение от прозвища, связанного с диалектным глаголом «похать» (пахать, работать землю). В этом случае Похун — «пахарь».

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Встречается в воронежских, курских, ростовских архивах. Это отличает её от северных вариантов с суффиксом -их/-ых (Похуновы — типичная «овская» модель, характерная для центра и юга). Сословный состав носителей в XIX веке — преимущественно государственные крестьяне и однодворцы, то есть люди, не знавшие крепостной зависимости, что косвенно подтверждает раннее закрепление прозвища.

Редкость фамилии объясняется двумя факторами: во-первых, имя Порфирий никогда не было массовым, во-вторых, в XX веке многие носители могли изменить фамилию из-за неблагозвучных ассоциаций (созвучие с обсценной лексикой). Поэтому сегодня Похуновых мало, и фамилия сохранилась в основном в среде, где была сильна семейная традиция.