Фамилия Пихунов принадлежит к группе русских фамилий, образованных от прозвища или нецерковного имени. Её основа — «Пихун». В русских говорах это слово имеет два основных значения, и оба ведут к одной логике прозвища.

Первое значение — глагол «пихать» в значении «толкать, совать, пихаться». Пихуном в крестьянской среде могли назвать человека неловкого, суетливого, который постоянно всех задевает, «пихается», или, наоборот, настырного, пробивного. Второе значение связано с диалектным словом «пихун» — так в некоторых областях называли запах, духоту, спертый воздух. Прозвище Пихун мог получить человек, который работал с чем-то пахучим (например, кожевник или красильщик), либо просто неряха, от которого дурно пахло.

Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: Пихунов — сын Пихуна. Фамилия возникла не позднее XVII века, когда такие прозвищные фамилии массово закреплялись за крестьянами и посадскими людьми. В документах XVI–XVII веков встречаются люди с прозвищем Пихун: например, в переписных книгах Новгородской земли упоминается крестьянин Пихун Ондреев (1539 год), что подтверждает древность основы.

Географически фамилия Пихунов тяготеет к северным и центральным регионам России. Наибольшая концентрация носителей — в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, а также в Поволжье. Это согласуется с диалектной зоной бытования глагола «пихать» и его производных. В южнорусских говорах слово «пихун» почти не встречается, поэтому фамилия там редка.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Пихунов — «прозвищная» фамилия, которая прямо характеризует предка. Она не имеет отношения к польским или украинским корням (где «піхун» означало бы нечто иное) и является исконно русской. Носителям фамилии стоит знать: их предок, скорее всего, был простым крестьянином или ремесленником, а прозвище дали за манеру поведения или род занятий, а не за внешность.