Фамилия Прихунов образована от прозвища Прихун, которое легло в основу фамилии по модели отчества: сын Прихуна становился Прихуновым. Это типичный для восточнославянских фамилий случай, когда прозвище, закрепившись за родоначальником, переходило к потомкам в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов.

Сам корень прозвища, скорее всего, восходит к украинскому глаголу «прихати» — «издавать глухой отрывистый звук, громко выпуская воздух из ноздрей или рта». Такой звук — нечто среднее между фырканьем и хмыканьем, — мог быть яркой индивидуальной чертой человека. Прозвище Прихун, вероятно, получил тот, кто имел привычку так делать, и эта особенность бросалась в глаза окружающим настолько, что стала его постоянным именованием.

У глагола «прихати» есть и переносное значение — «выражать недовольство, сердиться». Поэтому нельзя исключать, что прозвище указывало не на физическую привычку, а на характер: ворчливого, вечно недовольного человека могли прозвать Прихуном. Какая из версий правдоподобнее — сказать трудно, но обе укладываются в логику народных прозвищ, которые часто фиксировали либо внешнюю манеру поведения, либо внутренние качества.

Важно отметить, что фамилия Прихунов — редкая и по-своему уникальная. В отличие от массовых фамилий, образованных от крестильных имен или названий профессий, она сохранила память о живом, почти звукоподражательном прозвище. Подобные фамилии — Прихунов, Прихун, Прихуненко — встречаются в основном в украинских и южнорусских говорах, где глагол «прихати» бытовал в обиходной речи. Со временем прозвище Прихун, как это часто случалось, вытеснило в обиходе имя, данное при крещении, и закрепилось за родом, а затем легло в основу фамилии.