Фамилия Паклюсева — редкая и морфологически неочевидная. Её основа «Паклюс-» не встречается в современных русских именах и нарицательных словах, поэтому разбор приходится начинать не с корня, а с модели образования. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: первоначально это было отчество или прозвище, отвечавшее на вопрос «чей?» — сын или потомок Паклюса. Мужская форма — Паклюсев.

Самая правдоподобная версия связывает основу с диалектным словом «пакля» — грубое волокно, очесы льна или конопли, которые шли на конопатку. В русских говорах «паклей» могли называть не только материал, но и человека: либо того, кто работал с паклей (например, конопатчика, щетинника), либо — пренебрежительно — неряшливого, лохматого, похожего на клок пакли. Суффикс -ус- в прозвище Паклюс — редкий, но не уникальный: он встречается в фамилиях типа Кривусов, Толстусов, где -ус- придаёт слову оттенок просторечия или уничижительности. Таким образом, прозвище Паклюс могло означать «человек, похожий на паклю» или «работающий с паклей».

Менее вероятна связь с личным именем Паклюс как вариантом крестильного имени Пахомий или Парфений — такие переделки в народе случались, но для фамилии Паклюсев нет документальных подтверждений. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) не упоминают эту фамилию в списке типичных, что подтверждает её редкость. Географически она тяготеет к северным и центральным областям России: в документах XIX века носители встречаются в Вологодской и Костромской губерниях, где льноводство и конопатное дело были распространены.

Фамилия Паклюсева — пример того, как прозвище по занятию или внешности, пройдя через суффикс -ус-, закрепилось в виде отчества и дошло до наших дней. Её носителям стоит обратить внимание на местные архивы Вологодчины и Костромы: именно там, скорее всего, жил первый Паклюс, давший фамилию роду.