Фамилия Паклюев — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку, со временем превратилось в родовое имя, но исходное слово почти вышло из употребления. Основа здесь — «пакля». В старину так называли грубое волокно, отходы от обработки льна и конопли, которые шли на конопачение срубов, изготовление веревок и мочалок.

Вероятнее всего, Паклюев — потомок человека, занимавшегося производством или продажей пакли. Это мог быть ремесленник, который трепал лен и отбирал грубое волокно, или торговец, возивший этот товар на ярмарки. В северных и центральных губерниях России, где лен был основной культурой, такие прозвища были понятны без пояснений. Менее вероятно, но возможно, что прозвище имело ироничный оттенок: так могли назвать неопрятного человека, чья одежда или борода напоминали спутанное волокно.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую патронимическую модель, но не на «сына человека по имени Пакля», а на «сына (или потомка) человека по прозвищу Пакля». Аналогично образованы фамилии Кузнецов, Портнов, Скорняков — по роду занятий. В ономастических справочниках эта фамилия не относится к числу древних боярских или дворянских; её корни — в среде посадских людей, крестьян и ремесленников.

Интересно, что слово «пакля» сохранилось в русском языке именно в строительном контексте, а вот прозвища от него встречаются редко. Фамилия Паклюев не имеет отношения к украинской или белорусской традиции (там было бы Паклюк или Пакленко), это чисто русское образование. Встречается она в основном в бывших льноводческих регионах: Костромской, Ярославской, Вологодской и Тверской областях.