Фамилия Панабердиев — редкий пример фамилии, образованной от составного тюркского имени, и её разговорная форма почти полностью вытеснила книжный вариант. В основе лежит мужское личное имя Панахберди, которое в бытовой речи сократилось до Панаберди. Это имя состоит из двух корней: «панах» (персидское پناه — «защита», «убежище», «покровитель») и «берди» (тюркское — «дал»). Вместе имя означает «дарованный как защита» или «покровительством данный» — типичная для мусульманских народов формула, где ребёнка называли в знак благодарности высшим силам или в надежде на его будущую роль.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или «й». В данном случае исходная форма — Панаберди, поэтому фамилия получила окончание -ев, а не -ов. Это стандартный процесс русификации тюркских имён в XIX–XX веках, когда при документальном оформлении к основе добавляли русский патронимический суффикс.

Фамилия Панабердиев распространена преимущественно среди народов Дагестана (особенно лезгин и табасаран), а также встречается у азербайджанцев. Это связано с тем, что имя Панахберди (и его вариант Панаберди) было популярно в регионах исторического влияния персидской и тюркской культур. В дореволюционных записях можно встретить написание «Панахбердиев» — более точное с точки зрения этимологии, но в советское время упрощённая форма «Панабердиев» закрепилась в паспортах и метриках.

Если говорить о социальном контексте, то носители этой фамилии в XIX веке чаще всего относились к крестьянскому или ремесленному сословию, хотя само имя Панахберди могло даваться и в знатных семьях как пожелание ребёнку стать защитником рода. Фамилия не имеет отношения к русским дворянским родам — её история целиком лежит в плоскости адаптации тюркских антропонимов в русской письменной традиции.