Фамилия Панчоян — армянская по происхождению, и это сразу видно по её окончанию. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — самый распространённый патронимический показатель в армянском языке, аналог русского -ов/-ев или грузинского -дзе. Он означает «из рода» или «принадлежащий к», и фамилии с этим суффиксом массово закрепились в Армении к XIX веку, хотя отдельные упоминания встречаются и раньше. В русской передаче конечное -ц обычно отпало, поэтому мы имеем форму Панчоян, а не Панчоянц.

Основа фамилии — личное имя Панчо. Это уменьшительно-ласкательная форма от армянского имени Пандухт или, что вероятнее, от имени Панч, которое само по себе восходит к древнеармянскому «панч» — «пять». В армянской антропонимике числительные в составе имён не редкость: они могли указывать на порядок рождения ребёнка в семье (пятый сын) или нести символическую нагрузку. Имя Панчо, таким образом, означало что-то вроде «пятый» или «маленький пятый», а Панчоян — «потомок Панчо».

Есть и менее очевидная версия, связывающая основу с тюркским словом «панча» (ладонь, пятерня). В таком случае прозвище Панчо мог получить человек с широкой или сильной рукой — кузнец, борец или, например, сборщик податей, который «загребает» пятернёй. Однако эта гипотеза менее убедительна: армянские фамилии с тюркскими корнями обычно образуются иначе и редко дают уменьшительные формы на -о.

Географически носители фамилии Панчоян традиционно связаны с западными регионами исторической Армении (в частности, с окрестностями Вана и Эрзурума), откуда после геноцида 1915 года многие переселились в Восточную Армению, а затем и в диаспору. В России фамилия встречается в Краснодарском крае, Ростовской области и в Москве — там, где осели армянские общины.

Социально фамилия не указывает на какое-либо сословие: её носили и крестьяне, и ремесленники, и священники. Армянские фамилии на -ян универсальны и не дают привязки к дворянству или духовенству, как, скажем, русские -ский или -цкий. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителя фамилии Панчоян жили в среде, где было принято называть детей порядковыми числительными, и, скорее всего, были армянами-христианами.