Фамилия Панцуркин — редкий случай, когда модель образования фамилии спорит с основой. На первый взгляд, перед нами типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который в центральной России и на севере обычно крепился к основам на -а/-я. Но здесь основа — Панцурк-, что сразу выделяет фамилию из ряда обычных патронимов.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или мирское имя Панцурка. Это уменьшительная форма от имени Панцур. А вот откуда взялось само имя Панцур — здесь возможны две версии. Первая, самая вероятная: это народная форма крестильного имени Панкратий (в просторечии Панкрат, Панкратий). В русских говорах имя могли переделать в Панцур через добавление суффикса -ур, который в ряде регионов (особенно в южнорусских и среднерусских областях) использовался для образования ласкательных или просторечных вариантов: Панцур, Матюра, Ванюра. Вторая версия, менее убедительная: связь с диалектным словом «панцурить» — в некоторых говорах так называли неуклюжего, нерасторопного человека, но слово редкое и локальное.

Суффикс -к- в Панцурка — это уже вторичная уменьшительная форма, характерная для бытового именования в XVI–XVII веках. Таким образом, полная цепочка: крестильное имя Панкратий → народное Панцур → уменьшительное Панцурка → фамилия Панцуркин. Фамилия закрепилась как «чей?» — сын Панцурки.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным регионам России. Встречается в документах по Курской, Воронежской, Тамбовской губерниям, а также в Поволжье. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных имен, Панцуркин — типичный пример фамилии от прозвищной формы, что говорит о её бытовом, неофициальном происхождении. Носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а не служилым дворянством. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится.

Если сравнивать с однокоренными: Панцурьев, Панцуренко, Панцуров — то Панцуркин стоит особняком именно из-за суффикса -ин и промежуточного -к-. Это показывает, что фамилия образовалась не от отчества, а от прозвища, которое носил глава семьи, и закрепилась в той форме, в какой её записал местный дьяк.