Фамилия Панухник — редкий случай, когда модель образования указывает на географию точнее, чем основа. Суффикс -ник в русских фамилиях обычно закрепляется за носителями с запада: это характерный белорусский и украинский суффикс, который входил в состав названий профессий или занятий (лесник, мельник). Панухник, скорее всего, и есть «тот, кто связан с паном» или «тот, кто работает у пана».

Корень «пан» здесь прозрачен: в польском, украинском, белорусском языках так называли господина, помещика, шляхтича. Соответственно, Панухник — это человек из окружения пана, его слуга, работник или, возможно, крестьянин, живший на панской земле. Менее вероятная, но допустимая версия — прозвище человека, который вёл себя по-пански, важничал; тогда фамилия родилась как насмешливое прозвище.

Примечательно, что фамилия избежала типичной восточнославянской модели на -ов/-ев. Если бы основой было имя Пануха (уменьшительное от Пантелеймон или Панкрат), мы бы получили Панухов. Но Панухник — это именно суффиксальное образование от «пан», а не от личного имени. В польской ономастике есть похожий ряд: Panuch, Panuś, Panasik, и Панухник вписывается в эту западную традицию словообразования.

Встречаемость фамилии сегодня невысока, но её концентрация в западных областях Украины (Волынь, Подолье, Галичина) и в южной Беларуси подтверждает версию о происхождении из крестьянской или мещанской среды, где суффикс -ник был обычным способом указать на социальную роль. Фамилия не документирована в старых дворянских родословных — это верный признак, что предки Панухников были простыми людьми, чью фамилию записали по прозвищу, а не по отчеству.