Фамилия Панухина — женская форма фамилии Панухин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени дальнего предка. Основа здесь — «Пануха». Это слово не встречается в современных словарях как нарицательное, но ономасты связывают его с диалектным или просторечным вариантом имени Пантелеймон или Панфил. В русской народной традиции полные имена часто сокращали до коротких, порой неожиданных форм: Паня, Панюта, Пануха. Таким образом, Пануха — это уменьшительно-обиходное имя, которое затем закрепилось как прозвище.

Суффикс -ин указывает на типично русскую модель образования фамилий от основ на -а/-я. В прямом смысле Панухин — «сын Панухи». Эта модель преобладала в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин столь же часты, как на -ов на юге. В документах XVI–XVII веков фамилии на -ин чаще встречались среди крестьян и посадских людей, реже — у дворян, что косвенно указывает на социальные корни рода Панухиных.

Есть и менее очевидная версия: связь с диалектным словом «пануха» в значении «запах, дух» (от «пахнуть»). В некоторых говорах так могли назвать человека с резким запахом или, напротив, благоухающего травами — например, травника или пасечника. Однако эта гипотеза слабее: в ономастике переход от бытового прозвища к фамилии через «дурной запах» встречается редко и обычно фиксируется в иной словообразовательной форме (Пахарев, Пахунов). Поэтому версия с личным именем Пануха выглядит убедительнее.

Географически фамилия Панухина встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда», но чаще в документах по Тверской, Ярославской и Вологодской областям. Это согласуется с зоной распространения фамилий на -ин и с традицией усечённых имён. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был крестьянином или ремесленником из северо-западной России, а его имя в быту звучало как Пануха — от христианского Пантелеймона или Панфила.