Фамилия Пафнухин — один из тех редких случаев, когда за основу взято не простонародное имя или прозвище, а церковное, причём не слишком распространённое в крестьянской среде. Она образована от крестильного имени Пафнутий. В народном произношении это имя часто сокращали и переделывали на свой лад: Пафнуха, Пафнушка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пафнухин, то есть сын Пафнухи, потомок человека, которого звали Пафнуха. Модель типична для русских фамилий, но сама основа редкая.

Имя Пафнутий — греческого происхождения, от «пафнутиос», что значит «принадлежащий к Пафосу» (городу на Кипре, где находился знаменитый храм Афродиты). В святцах это имя связано с несколькими раннехристианскими святыми, но в быту оно никогда не было массовым. В основном его давали в монашестве или в семьях, где чтили определённых святых. Поэтому фамилия Пафнухин могла возникнуть в среде духовенства или у старообрядцев, которые держались за редкие канонические имена.

Вероятно, предок носителя этой фамилии был либо священником, либо монахом, либо происходил из семьи, где имя Пафнутий передавалось по традиции. В народе такое имя могли дать и в честь преподобного Пафнутия Боровского — очень почитаемого святого в Центральной России. Отсюда возможная географическая привязка: Калужская, Московская, Тверская губернии, где культ этого святого был особенно силён.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия застыла в форме отчества второго порядка: сначала от Пафнутий сделали уменьшительное Пафнуха, а затем от этого прозвища образовали фамилию. Суффикс -ин, а не -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на -а. Такие фамилии чаще встречаются в северных и центральных регионах России, но для редкого имени это скорее случайность.

В дореволюционных источниках фамилия Пафнухин встречается нечасто. В списках мещан и купцов XIX века она почти не попадается, что косвенно подтверждает её возможное духовное происхождение. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, но это не делает её менее интересной: она сохранила память о редком имени, которое сегодня почти вышло из употребления.