Фамилия Пафнухина — женская форма фамилии Пафнухин, а та, в свою очередь, образована от имени Пафнуха. Это не случайное созвучие, а разговорная, обиходная форма церковного имени Пафнутий. В русской народной среде длинные и торжественные календарные имена часто усекали и добавляли просторечные суффиксы: Пафнутий превращался в Пафню, а затем в Пафнуху — по той же модели, что Сильвестр становился Селивёрстом и Селивёром, а Феофан — Фофаном.

Имя Пафнутий — греческого происхождения, от «пафнутиос», что переводится как «египтянин» или «принадлежащий к Египту». В святцах оно связано с преподобным Пафнутием Боровским, игуменом и учеником Сергия Радонежского. Однако в народе этимологическая связь с Египтом была утрачена, и имя воспринималось как просто «своё», деревенское.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Пафнухин). То есть Пафнухин — это сын Пафнухи. Такие фамилии типичны для севера и центра России, где отчества и прозвища на -ин и -ов вытеснили более ранние формы на -их/-ых.

Географически фамилия редкая. По данным переписей, основные очаги Пафнухиных — Вологодская и Костромская области, а также Забайкалье (куда переселенцы уходили в XIX веке). Встречаемость низкая, что неудивительно: имя Пафнутий уже к концу XIX века почти вышло из обихода, уступив место более модным именам. Соответственно, и фамилия от него не стала массовой.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов Пафнухиных не зафиксировано, а духовенство предпочитало полную форму имени (Пафнутиев, Пафнутьевский). Так что предки современной Пафнухиной — обычные люди, чей род сохранил память о предке, которого в быту звали не иначе как Пафнуха.