Фамилия Панунцева — редкая, и её разбор стоит начать с суффикса, который многое говорит о происхождении. Окончание -ева указывает на принадлежность к женской линии (жена или дочь Панунца), а мужская форма — Панунцев. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих) типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -ец. То есть основа — Панунец.

Корень «панун-» — тёмный и неочевидный. Скорее всего, это не славянское слово, а заимствование или искажение. Наиболее правдоподобная версия: в основе лежит тюркское или кавказское имя или прозвище. В тюркских языках есть корень «пан» (господин, владыка, ср. «пан» в османском и крымскотатарском), а также суффикс -ун, образующий уменьшительные или ласкательные формы. «Панун» могло означать «маленький господин» или «господинчик» — так могли прозвать младшего сына в семье, человека небольшого роста или просто с пренебрежительным оттенком. Уменьшительный суффикс -ец (Панунец) окончательно превращал такое прозвище в фамильное: «сын Панунца».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с греческим именем Панайотис (Панун — народное сокращение, как Паня от Панайот). Однако для русской глубинки, где фамилия могла закрепиться, такое имя — редкость. Географически фамилия Панунцев/Панунцева встречается спорадически, в основном на юге России и в Поволжье — в зоне активных контактов с тюркскими народами. Это косвенно подтверждает первую версию: предок носителя фамилии мог быть выходцем из татарской, ногайской или кавказской среды, получившим прозвище от русских соседей.

Словообразовательная модель проста: прозвище Панунец → отчество Панунцев (чей сын?) → женская форма Панунцева. Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или казачьим — фамилии на -ев/-ов редко встречались у дворянства, если только не были поздними переделками. Интересно, что фамилия не имеет варианта с «-ов» (Панунцов), что говорит о довольно поздней фиксации (XIX век), когда написание через «е» уже стало нормой. Других однокоренных фамилий в русском ономастиконе практически нет, что делает Панунцеву уникальным случаем с неочевидным, но объяснимым тюркским следом.