Фамилия Папахчян — армянская, и её разговор начинается с суффикса «-ян», который в армянской ономастике означает принадлежность к роду или происхождение. В русской традиции этот суффикс воспринимается как фамильный, но в армянском языке он буквально отвечает на вопрос «из кого?» или «чей?». В отличие от русских фамилий на «-ов» или «-ин», которые закрепились в основном у крестьян и дворян, армянские фамилии на «-ян» (исторически «-янц») массово оформились в XIX веке и охватывают все сословия.

Основа фамилии — «Папах», что восходит к армянскому слову «папах» (папаха, шапка). Это не имя, а прозвище, которое давали человеку по характерной детали внешности — скорее всего, обладателю заметного головного убора. В армянском быту папаха была не просто одеждой, а символом достоинства, возраста и статуса. Мужчина, носивший высокую или богато украшенную папаху, мог получить такое прозвище от соседей. Позже, когда фамилии стали обязательными, прозвище закрепилось за его потомками: Папахчян буквально значит «из рода того, кто носит папаху» или «потомок Папаха».

Встречается и версия, что «Папах» — это искажённое тюркское или персидское имя, но она слабее: в армянских именословах такое имя не зафиксировано, а связь с предметом одежды очевидна и типологически распространена (сравните с русскими фамилиями Шапкин, Кафтанов). Фамилия редкая, сосредоточена в основном в Армении и в диаспоре — в среде армян, переселившихся в Россию, США и Францию. В самой Армении её носители встречаются чаще в регионах, где традиционно носили папахи, — на востоке страны и в исторической Западной Армении (ныне территория Турции).

Словообразовательная модель проста: корень «папах» + суффикс «-ч-» (указывает на профессию или склонность к чему-то, хотя здесь он скорее часть прозвища) + «-ян». Получается «Папахчян» — не «производитель папах», а именно «человек, который носит папаху». В армянском языке ударение падает на последний слог: Папахчя́н.