Фамилия Папарунас — редкий случай, когда корень и суффикс лежат на поверхности, но происхождение всё равно вызывает вопросы. Это литовская или жемайтийская фамилия, образованная по типичной для балтийских языков модели: основа + суффикс -унас (лит. -ūnas), который указывает на принадлежность, происхождение или уменьшительность. В русской передаче литовское ūnas часто записывают как -унас, хотя в оригинале может быть и -ūnas, и -onis.

Основа — pаpаrа. В литовском языке слово papartis (папоротник) звучит как paparčiai во множественном числе, а paparas — это диалектный или устаревший вариант. Соответственно, Paparūnas — «тот, кто связан с папоротником» или «сын Папараса». Прямое значение: прозвище человека, жившего у зарослей папоротника, либо указание на место жительства (например, деревня Paparčiai). Модель образования аналогична фамилиям вроде Girūnas (от giria — лес) или Laukūnas (от laukas — поле).

Встречается фамилия в основном в Литве и среди литовской диаспоры. В России и Беларуси её носители — потомки литовцев, переселившихся в центральные губернии или в Сибирь в XIX–XX веках. В польских записях (например, в Виленской губернии) могли писать Paparunas или Paparonis — из-за разной передачи балтийского суффикса.

Спорных версий немного. Иногда пытаются вывести основу от греческого paparas (дед) или от турецкого papara (суп), но это натяжка: фамилия чётко локализована в балтийском ареале, а литовское paparas — хорошо задокументированное слово. Поэтому основной и почти единственной версией остаётся «папоротниковое» происхождение.

Социальный контекст: фамилии на -унас в Литве до XIX века были характерны для крестьян и мелкой шляхты, часто указывали на хутор или урочище. Папарунас — не дворянская фамилия, а типичная фамилия-прозвище, закрепившаяся за конкретной семьёй. В современных литовских метриках она встречается, но нечасто — примерно 200–300 носителей в Литве на 2020-е годы.