Фамилия Папаянова — почти наверняка женская форма от Папаянов, а значит, её корни уходят в армянскую или греческую среду. В русском контексте такие фамилии с двойным «а» в основе (Папа- + -ян-) выглядят нетипично, но именно это и выдаёт их происхождение.

Разбираем основу. Первая часть — «Папа» — в греческом и армянском языках означает «отец», «священник» или просто уважительное обращение к старшему мужчине. Второй элемент — «ян» — типичный армянский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду («сын такого-то»). Таким образом, Папаян — это буквально «сын попа» или «сын отца». Русский суффикс -ов- добавился уже при адаптации фамилии в русскоязычной среде: из Папаян сделали Папаянов, а затем и женскую форму Папаянова.

Географически фамилия тяготеет к югу России: Ростовская область, Краснодарский край, Ставрополье, а также к Армении и греческим общинам Причерноморья. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Предки носителей фамилии, скорее всего, были либо священнослужителями (отсюда «папа» как поп), либо просто уважаемыми людьми, которых называли «папа» в знак почтения. В армянской традиции «папа» могло быть и личным прозвищем.

Любопытно, что двойной суффикс «-ян-ов» — признак поздней русификации. Если бы фамилия осталась в исконном виде, она звучала бы как Папаян. Добавление русского -ов- произошло, вероятно, в XIX–XX веках, когда носители переселялись в регионы с преобладающим русским населением и их фамилии подстраивали под привычную модель (как Иванов, Петров). Так Папаянова — это «гибридная» фамилия, хранящая следы и армянского корня, и русской бюрократии.