Фамилия Папаян — одна из тех, что сразу выдают армянское происхождение. Её структура прозрачна: основа «Пап» и типичный армянский патронимический суффикс «-ян», означающий «из рода» или «принадлежащий». В русской передаче фамилия закрепилась через «а» — Папаян, хотя в оригинале она звучит как Папян (Պապյան) и лишь при русификации получила дополнительную гласную для удобства произношения.

Корень «Пап» восходит к имени Пап (Пaп) — в армянской традиции это краткая форма от Папкен или Партогомес, но чаще всего самостоятельное имя, означающее «дедушка» или «старейшина». В армянских семьях так называли старшего сына в честь деда, и со временем имя стало основой для фамилии. Таким образом, Папаян — это «потомок Папа», то есть внук или правнук человека по имени Пап.

Интересно, что в армянской ономастике существует и фамилия Папян (без лишней гласной), и Папаян — обе образованы от одного корня, но вторая чаще встречается у носителей, чьи предки жили в регионах с сильным русским влиянием или в диаспоре, где фамилию адаптировали под местное произношение. В самой Армении вариант Папян более распространён, а Папаян — скорее исключение, закрепившееся через паспортные записи XIX — начала XX века.

Географически фамилия Папаян встречается среди армян, переселившихся в Россию, Грузию и страны бывшего СССР. В Армении она редка, но в армянской диаспоре, особенно в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве, её носители — не редкость. Сословно предки Папаянов относились к крестьянам или ремесленникам, но могли быть и священниками: имя Пап нередко давали в семьях духовенства. Никаких сведений о дворянском происхождении этой фамилии нет, и это типично для армянских фамилий на «-ян», которые в массе своей демократичны и указывают на род занятий или личное имя предка, а не на титул.