Фамилия Папаева образована от прозвища Папай. Скорее всего, оно восходит к нарицательному "папа". Можно предположить, что основатель рода Папаевых был человек, который воспитывался только отцом, без матери. Не исключено, что прозвище Папай носил отец большого семейства, единственный кормилец. Так, из письменных источников известен Федор Семенович Папа Вислоухов-Сабуров (первая половина XVI в.) и Яков Папаев (посадский человек, 1623 г., Белоозеро). Ошибочной следует считать гипотезу, согласно которой, фамилия связана с названием плодового тропического дерева папайя. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Папай, со временем получил фамилию Папаева.