Фамилия Папортных — редкий образец севернорусской модели образования, где суффикс -ых указывает на принадлежность к роду или дому. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, такие фамилии не склоняются и не меняются по родам: Папортных, Папортных, о Папортных. Эта модель типична для Архангельской, Вологодской, Вятской губерний и соседних регионов, где в быту говорили «Иван из Папортных» — то есть из семьи, где главу прозвали Папоротником.

Основа фамилии — слово «папоротник». Прозвище Папоротник могли дать человеку по месту жительства (в зарослях папоротника), по внешнему сходству (высокий, кудрявый) или даже по роду занятий. В народной культуре папоротник связывали с колдовством и поиском кладов — цветок папоротника якобы открывал тайны. Поэтому прозвище могло закрепиться за знахарем, травником или просто человеком, который жил у папоротниковой поляны.

Словообразовательная цепочка проста: папоротник → Папоротник (прозвище) → Папортных (фамилия с выпадением суффикса -ник, что встречается в диалектной речи). Встречается и вариант написания через «о» — «Папоротных», но форма «Папортных» отражает местное произношение, где неударное «о» редуцировалось, а «е» перешло в «ё» или «о».

Точных данных о сословной принадлежности носителей нет, но, судя по ареалу, это скорее всего крестьянская или мещанская фамилия. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современных справочниках фамилия встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска — каждый носитель, скорее всего, связан с исходным родом на Севере или Урале.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Папортников — более «литературная» форма, а Папортных — именно диалектная, «окающая» версия, сохранившая живую речь предков.