Фамилия Паптолин — редкая, и её происхождение неочевидно. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, а основа не даёт прямого указания на профессию или имя. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища, которое, в свою очередь, возникло из диалектного или иноязычного слова.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «паптать» или «паптолить». В некоторых южнорусских говорах и в украинском языке «паптати» означает «топтать», «мять», «давить», а также «ходить», «бродить», «шлёпать по грязи». Отсюда «паптоля» — человек, который ходит вперевалку, неуклюже, или же тот, кто постоянно месит грязь, например, пастух, гоняющий скот по мокрому лугу. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Паптоли» или «из семьи Паптолиных».

Менее убедительной выглядит гипотеза о связи с личным именем Паптолей (народная форма от Пантелеймон) или с географическим названием (например, Паптолино). Такие варианты возможны, но не находят подтверждения в доступных источниках. Фамилия не упоминается в классических ономастических словарях (Унбегауна, Никонова, Веселовского), что говорит о её локальном и, вероятно, позднем происхождении — скорее всего, она оформилась в XIX веке среди крестьянства или мещанства южных губерний Российской империи.

Таким образом, носитель фамилии Паптолин, скорее всего, ведёт род от человека с прозвищем, которое дали за особенность походки или род занятий, связанный с ходьбой и топтанием. Фамилия не дворянская и не купеческая, а народная, бытовая — и в этом её ценность как следа живого диалектного слова, почти исчезнувшего из современного языка.