Фамилия Папуасикус — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение неочевидно. Судя по окончанию -ус, это латинизированная форма, что характерно для фамилий, которые в XVII–XIX веках получали выпускники духовных семинарий. В семинарской среде было принято переводить русские фамилии на латынь или придумывать новые, «учёные» варианты, часто с суффиксами -ус, -ий, -ский. Основа «папуас» здесь, скорее всего, не случайна: она указывает на жителя Папуа — Новой Гвинеи, но в переносном смысле могла означать «дикарь», «неотёсанный человек» или «чужеземец».

Вероятнее всего, фамилию Папуасикус дали семинаристу, который в миру носил прозвище Папуас. Такое прозвище мог получить человек с тёмной кожей, необычной внешностью или, наоборот, с грубыми, «дикими» манерами. В русских деревнях прозвища нередко давали по сходству с представителями далёких народов — например, Арап, Цыган, Турок. Семинария же облагораживала прозвище латинским окончанием, превращая его в «учёную» фамилию.

Вторая гипотеза, менее вероятная, — что Папуасикус образовано от греческого слова «папас» (отец, священник) с добавлением латинского суффикса. Но тогда форма была бы ближе к Папасикус или Пападикус. Связь с «папуасом» выглядит прямее и понятнее.

Географически фамилия почти не встречается: её нет в массовых списках русских фамилий, она редка даже для духовного сословия. Возможно, это единичный случай, когда семинарский преподаватель или сам студент придумал необычный вариант, который так и не получил распространения. Носители фамилии, если они есть сегодня, вероятно, потомки одного-двух родов из центральной России или Поволжья, где семинарии были особенно активны.

В любом случае, Папуасикус — не крестьянская и не дворянская фамилия, а искусственная, книжная. Она не связана с ремеслом или местностью, а отражает момент остроумия или иронии в стенах духовного училища.