Фамилия Папудько — редкий случай, когда даже специалист по русским фамилиям сначала задумается. На слух она звучит по-украински или по-белорусски, и это верное направление. Но вот с корнем всё не так очевидно: в украинском и белорусском языках нет слова «папудь» или «папуда». Значит, искать надо либо в диалектах, либо в личных именах, либо в заимствованиях.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -к-о. В украинской ономастике это один из самых распространённых фамильных формантов. Он образует фамилии от прозвищ, профессий и имён: Шевченко, Бондаренко, Тимошенко. Папудько стоит в том же ряду. Основа Папудь- — скорее всего, усечённая форма от более длинного прозвища, которое в быту сократили до «Папуда» или «Папудь». Что это могло быть?

Самая правдоподобная версия — связь с диалектным глаголом папудити или папуджати. В некоторых говорах украинского Полесья и западных областей Беларуси «папудити» означало «вспугнуть», «сполошить», «напугать». Человек, получивший прозвище Папуда, мог быть пугливым, либо, наоборот, тем, кто всех пугает — резким, крикливым. Менее вероятна, но возможна связь с польским papudło (чучело, пугало) — в пограничных районах это слово могло перейти в украинскую речь и закрепиться как прозвище высокого, худого или нелепо одетого человека.

Есть и вторая версия, более простая: основа могла произойти от крестильного имени Папуд — редкой народной формы канонического имени Паппий или Пап (от греческого «паппас» — отец). Такие усечения были в ходу: Папка, Папуша, Папудь. Тогда фамилия Папудько — буквально «маленький Папуд» или «сын Папуда».

Географически фамилия тяготеет к западу Украины и югу Беларуси. Встречается она и в России, но как принесённая переселенцами. Дворянского происхождения у неё нет — это фамилия крестьянская или казацкая, образованная в быту, без претензий на высокий статус. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Папу́дько, хотя в некоторых семьях могло закрепиться и на последнем.

Если коротко: предки носителя фамилии Папудько жили на западноукраинских или белорусских землях, а прозвище им дали либо за характер (пугливый или пугающий), либо за внешность (высокий, тощий), либо по имени — как уменьшительное от Папуд.