Фамилия Партфилий — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий, образованных от крестильных имён, прозвищ или профессий. Её основа и суффикс заставляют искать иноязычные корни, скорее всего, греческие или латинские, что неудивительно для фамилий, которые могли возникнуть в среде духовенства или в дворянских родах, связанных с классическим образованием.

Скорее всего, в основе лежит греческое слово «παρθένος» (партэнос) — «дева, девственница». От него образовано имя Парфений (Парфён), которое в православной традиции носили несколько святых, в том числе святитель Парфений, епископ Лампсакийский. Однако фамилия звучит не как Парфенов или Парфентьев, а как Партфилий. Вторая часть «-филий» восходит к греческому «φίλος» (филос) — «друг, любящий». Таким образом, Партфилий может быть сложением: «парт(енос)» + «фил(ос)» — «любящий деву» или «друг девы». В контексте церковной культуры это могло быть символическое прозвище, данное в честь Богородицы (Приснодевы) или указывающее на целомудрие.

Другая, менее вероятная, версия — искусственное происхождение. В семинарской среде в XVIII–XIX веках было модно «переводить» русские фамилии на греческий лад или составлять новые из греческих корней. Например, фамилию Добролюбов могли переделать в Филофеев (от «филос» и «теос» — бог). Похожим образом Партфилий мог появиться как «облагораживание» фамилии Парфёнов или как калька с греческого «Парфенофил». Такие фамилии часто оставались в узком кругу одного рода и не получали широкого распространения.

Суффикс «-ий» в конце указывает на форму прилагательного (по типу «Парфентьев» → «Партфилий»). Это характерно для фамилий, зафиксированных в форме родительного падежа множественного числа (чей? — Партфилиев) или как притяжательное прилагательное, которое со временем застыло. Встретить фамилию Партфилий можно скорее в южнорусских и украинских регионах, где было сильно греческое влияние, или в среде потомков духовенства.

Однокоренные фамилии — Парфёнов, Парфентьев, Парфенов — гораздо более частотны. Партфилий стоит особняком: он звучит книжно, почти как античное имя. Носитель такой фамилии с высокой вероятностью происходит из семьи, где ценили не просто родовое прозвище, а его символическое, церковное значение.