Фамилия Пацапунова — редкий случай, когда даже её основа вызывает споры. На первый взгляд, в ней угадывается что-то южное, украинское или белорусское, но при ближайшем рассмотрении корень «пацап» не даёт однозначной этимологии. Скорее всего, перед нами прозвище, образованное от глагольной формы.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с украинским или южнорусским диалектным глаголом «цапати» — хватать, царапать, брать без спросу. Приставка «па-» (вместо общеупотребительной «по-») встречается в говорах Черниговщины, Полтавщины и прилегающих областей России. «Пацап» — это человек, который «пацапав», то есть схватил, стащил или просто неловко задел. Прозвище могло закрепиться за тем, кто имел привычку хватать чужое, либо за неуклюжим, цепляющимся за всё подряд человеком. Суффикс «-ун» (Пацапун) в восточнославянских фамилиях типичен для прозвищ по действию: хвастун, бегун, крикун. Следовательно, Пацапун — «тот, кто цапает», усиленная форма того же корня.

Менее убедительная гипотеза выводит основу из тюркских языков, где «чап» (çap) означает «рубить», «бить», а «чапун» — разбойник или грабитель. Однако для фамилии с мягким «ц» и приставкой «па-» это фонетически натянуто. Версия о связи с «пацан» (от еврейского «поц») тоже не выдерживает критики: суффикс «-ун» там нехарактерен, да и семантика слишком натянута.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Пацапун → Пацапунов (сын Пацапуна) → Пацапунова (женская форма). Суффикс «-ов» указывает на русскую или обрусевшую среду бытования, хотя сам корень явно западнорусский или украинский. Встречаемость фамилии крайне низкая: единичные носители зафиксированы в Ростовской области и на Кубани — регионах, куда в XIX–XX веках активно переселялись малороссы.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, крестьянский или казачий. Прозвище давали в быту, в среде, где ценилась меткая, иногда грубоватая характеристика человека. Дворянских родов с такой фамилией не известно. Таким образом, фамилия Пацапунова — это диалектное прозвище, закреплённое в документах, которое говорит о характере или привычке предка, а не о его профессии или месте жительства.