Фамилия Паутенис звучит на русский слух необычно, но её происхождение прозрачно и укладывается в одну из типичных моделей литовских фамилий. Корень здесь — «паут-», который в литовском языке (voras) не встречается, зато хорошо знаком по восточнославянским диалектам. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «паут» или «паутень» означает слепня, овода или крупного лесного паука. Человек, получивший такое прозвище, мог быть назойливым, надоедливым или, наоборот, цепким и трудолюбивым, как паук. Таким образом, основа фамилии — прозвище по поведению или внешнему сходству с насекомым.

Ключевая особенность фамилии — суффикс «-енис». Это типичный литовский патронимический суффикс, соответствующий русскому «-ов» или «-ин». Он указывает на принадлежность: Паутенис буквально значит «сын Паутаса» или «потомок Паутяса». В XIX веке, когда литовские крестьяне массово получали официальные фамилии, прозвище отца или деда закреплялось в такой форме. Поэтому Паутенис — это не просто «сын того, кого звали Паутом», а указание на конкретную родовую линию, вероятно, из Литвы или из юго-западных районов Беларуси, где литовское влияние было сильным.

В польской ономастике встречается похожая фамилия Пауткевич (с суффиксом «-евич»), а у белорусов — Паутов. Паутенис стоит несколько особняком: его форма не «ославянилась», а сохранила литовское окончание. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, не переезжали в центральные губернии России, а оставались в пределах исторической Литвы или Жемайтии. Встречаемость фамилии сегодня невысокая, что только подтверждает её локальный характер.

Что касается социального статуса, то прозвище «паут» вряд ли могло принадлежать дворянину или духовному лицу. Скорее всего, первые Паутенисы — это крестьяне или мелкие ремесленники. Прозвище давалось не в канцелярии, а в быту, и закреплялось за семьёй, если человек был заметен своим характером или профессией, связанной с лесом, скотом (где много оводов) или ткачеством (паутина). Но точных документальных подтверждений ремесла нет — это лишь логичное предположение, исходя из значения корня.