Фамилия Пажерайтис — почти стопроцентный маркер литовского происхождения. Её выдают суффикс и окончание: -айтис (-aitis) — один из самых распространённых патронимических суффиксов в литовской ономастике. Он указывает на сына или потомка: буквально Пажерайтис — это «сын Пажеры» или «из рода Пажеры». По такой же модели образованы литовские фамилии Будрайтис, Раманайтис, Купстайтис.

Основа фамилии — Пажера. В литовском языке žėrėti означает «сверкать», «искриться», «гореть ярким пламенем». Соответственно, Пажера — это прозвище человека: либо с горячим, вспыльчивым нравом, либо с чем-то, что ассоциировалось с блеском и огнём (например, с рыжими волосами или неспокойным взглядом). Вторая версия, менее вероятная, отсылает к диалектному žeras — «жеребёнок»; тогда прозвище могло относиться к резвому, молодому человеку, но эта трактовка слабее, так как слово žeras в литовском языке редкое.

Фамилия Пажерайтис встречается почти исключительно в Литве, преимущественно в северных и центральных районах — в Жемайтии и Аукштайтии. В России и Беларуси она могла появиться в результате миграций XIX — начала XX века, когда литовцы переселялись в Сибирь, Прибалтику и крупные города империи. В польских или белорусских записях фамилию иногда записывали как Пажерайтыс, Пажерайтіс, а в русифицированных документах — Пажерайтов, но корень сохранялся.

Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилии падает на первый слог — Пáжерайтис. В русском произношении ударение часто смещается на второй или третий слог, что стирает связь с исходным прозвищем. По сословной принадлежности носители фамилии — почти всегда крестьяне или мелкие ремесленники: дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано. Это типичная «народная» фамилия, возникшая в среде литовского крестьянства не ранее XVII–XVIII веков, когда у простых людей в Литве начали закрепляться наследственные фамилии.