Фамилия Пэдупец — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, и это сразу даёт ключ к её происхождению. Это румынская или молдавская фамилия, образованная от прозвища или, точнее, от глагольной формы.

Основа фамилии — глагол «a pădupea» (пэдупя), который в румынском языке означает «притеснять», «угнетать», «обижать». Форма «pădupeț» (пэдупец) — это причастие или существительное, обозначающее того, кто подвергается притеснению, или, что вероятнее, того, кто сам этим занимается, то есть «притеснитель», «обидчик». Суффикс «-ец» (-ец) в данном случае не славянский, а румынский, образующий названия лиц по действию (ср. «ucigaș» — убийца, но с другим суффиксом). Фамилия Пэдупец — это, скорее всего, прозвище, данное либо человеку с тяжёлым, властным характером, который «притеснял» окружающих, либо, в ироничном ключе, тому, кто сам постоянно жаловался на притеснения.

Географически фамилия почти наверняка происходит из исторической области Бессарабия (современная Молдова и прилегающие районы Украины) или из румынских регионов Молдова и Мунтения. В русском языке фамилия пишется без изменений, так как румынская буква «ă» (шва) передаётся как «э», а «ț» — как «ц». Это объясняет, почему фамилия выглядит необычно для русского уха: корень «пэд-» не является русским.

В отличие, например, от многих славянских фамилий, которые заканчиваются на «-ов» и указывают на принадлежность отцу, Пэдупец — прозвищная фамилия, закреплённая в форме, близкой к исходному слову. Она не изменяется по падежам и не имеет «женского» варианта. В дореволюционных документах можно было встретить написание «Педупец» (с буквой «е» вместо «э»), но современная орфография закрепила именно вариант с «э», чтобы сохранить произношение.

По социальному составу носители фамилии, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами, так как прозвища такого типа редко встречались у дворянства. Фамилия не является распространённой — её носителей можно пересчитать по пальцам, и большинство из них живёт в Молдове или среди молдавской диаспоры. В России фамилия Пэдупец — большая редкость, и её обладатель почти наверняка имеет молдавские или румынские корни.