Фамилия Пэгыну — редчайший случай в русском ономастиконе. Её носители, скорее всего, живут на Дальнем Востоке или в Сибири, и корни фамилии уходят в языки коренных народов Севера. В привычной для русских фамилий модели здесь нет ни суффикса -ов, ни -ин, ни окончания -ский. Перед нами, вероятно, русифицированная запись слова из чукотско-камчатской или эскимосско-алеутской языковой семьи.

Наиболее правдоподобная версия связывает основу «пэгыну» с чукотским словом, обозначающим «пах» или «бок». В этом случае фамилия образована от прозвища, которое дали человеку по какой-то характерной черте телосложения или, возможно, по привычке носить что-то на боку. В чукотском языке слово «пэгыргын» означает «пах», а «пэгыну» — форма, близкая к творительному или местному падежу. При переходе в русский язык падежное окончание застыло и превратилось в фамилию.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с эскимосским «пэгын» (гора, возвышенность). Тогда Пэгыну могло быть именем или прозвищем, данным человеку, жившему у подножия сопки или имевшему крупное телосложение. Однако чукотское происхождение выглядит убедительнее из-за частотности корня «пэг» в антропонимии этого региона.

Поскольку фамилия не входит в списки массовых русских фамилий, её носители — потомки тех, кто в XIX–XX веках получал паспорта и фамилии от русских чиновников. Скорее всего, предок был оленеводом, охотником на морского зверя или рыбаком. Фамилия не склоняется по падежам в мужском и женском вариантах (Пэгыну пришёл, Пэгыну ушла), и её носители — живое свидетельство того, как топонимы и бытовые прозвища аборигенных народов стали частью русского фамильного фонда.