Фамилия Пекаторос — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью совпадает с латинским оригиналом. В основе лежит латинское слово peccator — «грешник». Это не русская и не славянская фамилия, а книжная, искусственная, возникшая в среде семинаристов или духовенства. В XVIII–XIX веках в семинариях было принято давать будущим священникам «благозвучные» фамилии на латыни или греческом, часто с морально-религиозным подтекстом. Пекаторос — это латинское peccator, оформленное греческим окончанием -ос, что было модным приёмом в семинарской ономастике: так появлялись Флоров, Сперанский, а также Пекаторос.

Словообразовательная модель здесь не русская, поэтому суффиксы -ов или -ин отсутствуют. Фамилия застыла в форме мужского рода единственного числа именительного падежа. Встречается она крайне редко, преимущественно у потомков духовенства из южных и центральных губерний Российской империи, где латынь преподавалась особенно усердно. По сути, Пекаторос — это «говорящая» фамилия: её носитель или его предок-семинарист получил прозвание «Грешник» в назидание, как напоминание о человеческой слабости и необходимости покаяния.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ (Пекарь, Пекарев), Пекаторос не имеет отношения к ремеслу. Это чистый случай искусственной книжной фамилии, и её редкость объясняется именно специфической средой возникновения. В дореволюционных метрических книгах и клировых ведомостях фамилия фиксируется в единичных экземплярах, чаще всего у священников и их детей. После революции, когда семинарские фамилии вышли из моды, многие носители меняли их на более привычные, так что сегодня Пекаторос — большая редкость, сохранившаяся в основном у потомков, знающих свою родословную.