Оно может брать начало от литовского глагола peikti со значением «порицать, ругать, хулить». Так, нарекая ребенка Пекой, родные хотели, чтобы он рос в ладу с окружающими, а злая молва обходила его стороной. Кроме того, имя Пека может быть производной формой имени Петр. Форма имени Пека распространена среди некоторых западнославянских народов. Имя Петр в переводе с греческого означает «камень». Не исключено также, что фамилия Пека происходит от аналогичного прозвища. Оно этимологически связано с глаголом «печь». Можно предположить, что Пекой прозвали повара. Так, в Книге памяти Иркутской области упоминается Петр Карлович Пека, родившийся в 1892 году в Латвии. В документах Красноярского края содержится информация о Ионасе Ионо Пеке, родившемся в 1913 году в Литве.