Фамилия Пехконен — характерный пример финского ономастикона на территории России, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание «-нен» — один из самых распространённых фамильных формантов в Финляндии, особенно в восточных и саволакских регионах. Он указывает на принадлежность к роду или местности, аналогично русскому «-ов». В XIX веке, когда финские крестьяне массово получали фамилии, суффикс «-нен» стал маркером оседлого населения, в отличие от западных шведских окончаний.

Основа «Пехко» восходит к финскому слову «pehko» — куст, заросли, чаща. В диалектах это слово могло означать и «мелкий лес», и «густой кустарник». Скорее всего, первый носитель фамилии получил прозвище по месту жительства: человек, живший у густого кустарника, в зарослях, или владевший таким участком. Встречается и другая версия — от слова «pehku» (солома, подстилка), но она менее вероятна, так как «pehko» даёт более естественную топографическую привязку.

На русском северо-западе, в Карелии и Ленинградской области, фамилия Пехконен встречается с XIX века. Там она закрепилась за потомками финнов-ингерманландцев, которых в разное время переселяли или которые сами мигрировали. В метрических книгах можно найти варианты написания: Пехконен, Пехконенъ, а иногда и Пехконен-Сидоров, когда к финской основе добавляли русский патроним для идентификации.

С точки зрения социального статуса, Пехконены почти всегда были крестьянами или мелкими ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. В советское время фамилия не подвергалась русификации, потому что её финское звучание не было редкостью для северных регионов, а окончание «-нен» воспринималось как нормальное.

Родственных фамилий много: Пекконен (от «peikko» — тролль, леший), Пихконен (от «pihka» — смола), Пюхконен. Все они строятся по одной модели: корень, обозначающий природный объект или явление, плюс родовой суффикс. Пехконен стоит в этом ряду как самая «кустарная» фамилия — буквально.