Фамилия Пекофци — редкий случай, когда написание подсказывает путь к разгадке, но не даёт готового ответа. Скорее всего, перед нами не исконно русская, а молдавская или румынская фамилия, записанная кириллицей. На это указывает характерный суффикс -ц (рум. -цэ, -цу) и окончание -и, которое передаёт множественное число или притяжательность. В румынском языке суффикс -цэ (-ца) — это уменьшительно-ласкательная форма, а также часть фамилий, образованных от прозвищ или профессий.

Основа Пек- может восходить к нескольким корням. Первый и самый вероятный — румынское pecher (пекарь) или pech (печь). Тогда Пекофци — это «пекаревы», «те, кто из семьи пекаря». Второй вариант — диалектное peco (петух, или, реже, задира). В таком случае прозвище могло закрепиться за драчуном или за человеком с петушиной внешностью. Третий, более экзотический корень — от peco (смола, дёготь) — тогда фамилия указывала бы на смолокура или человека, пачкающегося в смоле.

С географической точки зрения фамилия Пекофци тяготеет к исторической Бессарабии и Молдове. В России она встречается единично, чаще всего у потомков переселенцев конца XIX — начала XX века. Написание через ф (а не через п или х) — это, вероятно, результат адаптации румынского звука, который в разных диалектах звучит как глухой или звонкий, и его запись кириллицей. В молдавских метрических книгах можно встретить варианты Пекофцы, Пекофце, Пекофц.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, крестьянская или мещанская, без дворянских корней. Фамилия образована не от имени, а от прозвища или занятия, что типично для непривилегированных слоёв. Если сравнивать с однокоренными, то в румынском языке есть фамилия Пеко (Peco), а в молдавском — Пекоф (Pecov), что подтверждает общую модель образования: основа + суффикс принадлежности. Таким образом, Пекофци — это фамилия-указатель на ремесло или характер предка, сохранившая в своём окончании следы молдавской грамматики, что делает её ценной для региональной ономастики.