Фамилия Пелюкшин — редкий пример, где географическая привязка оказывается едва ли не важнее лингвистической. Если отбросить догадки и посмотреть на карту расселения, сразу видно: почти все Пелюкшины — с Русского Севера, в первую очередь из Архангельской области и Карелии. Это сразу сужает круг поисков и подсказывает, что корень фамилии — не общеславянский, а местный, диалектный.

Основа «пелюкш-» скорее всего восходит к северному слову «пелюга» или «пелюшка». В архангельских говорах так называли мелкую, негодную рыбу, чаще всего мелкую плотву или сорожку. Прозвище Пелюкша могли дать либо неудачливому рыбаку, которому попадалась одна мелочь, либо, наоборот, человеку невысокого роста, щуплому — по аналогии с мелкой рыбёшкой. Суффикс -ин в финале указывает на классическую русскую модель: «чей?» — «Пелюкшин», то есть сын или потомок Пелюкши. Фамилии на -ин в северных регионах встречаются не реже, чем на -ов, так что это типичная местная норма.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с глаголом «пелюкать», то есть говорить невнятно, мямлить. В некоторых говорах так характеризовали картавого или косноязычного человека. Однако эта гипотеза слабее: у неё нет устойчивой диалектной базы, и прозвища от глаголов речи в северных фамилиях встречаются реже, чем прозвища по внешности или роду занятий.

Фамилия не попала в дворянские родословные книги и не встречается среди купеческих династий — это стопроцентно крестьянская фамилия, причём довольно поздняя по времени оформления. В документах Пелюкшины начинают фиксироваться в основном с середины XIX века, когда у государственных крестьян Севера массово закреплялись фамильные прозвания. До этого носители прозвища Пелюкша прекрасно обходились именем и отчеством.

Интересно, что фамилия почти не дала ответвлений. Нет ни Пелюкшевых, ни Пелюкшовых — только одна форма на -ин. Это говорит о том, что род был немногочисленным и жил компактно, вероятно, в одной-двух деревнях. Сегодня Пелюкшины по-прежнему редки: в современных телефонных справочниках их набирается от силы несколько десятков на всю Россию, и большинство по-прежнему живёт в Архангельской области.