Фамилия Пендыкали — редкая и неочевидная. Её происхождение, скорее всего, не связано с русским языком, а уходит корнями в тюркские или кавказские наречия. Основа «пенды» или «пенд» встречается в ряде языков, например, в тюркском «пенд» может означать «наставление», «совет» (от персидского «панд»). В сочетании с суффиксом или второй частью «-кали» (возможно, от имени Кали или тюркского «калы» — «оставаться», «жить») фамилия могла быть прозвищем мудреца, наставника или человека, дающего советы. Однако более вероятно, что перед нами сложная фамилия-композит, где «Пенды» — это искажённое имя или прозвище, а «кали» — формант, указывающий на принадлежность.

Словообразовательная модель здесь нестандартна для русских фамилий. Типичные суффиксы -ов, -ев, -ин в фамилии Пендыкали отсутствуют. Это указывает на то, что фамилия не была образована в центральной России по модели «сын такого-то». Скорее всего, она возникла в среде, где фамилии фиксировались в форме, близкой к исходному прозвищу, без добавления патронимического суффикса. Такое встречается у народов Северного Кавказа, в Закавказье или у крымских татар, а также у тюркских народов Поволжья. В этих регионах фамилии часто заканчиваются на гласную или имеют двухосновную структуру.

География фамилии Пендыкали крайне узкая. В открытых источниках и базах данных она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Возможно, носители сосредоточены в одном или нескольких сёлах, и фамилия передаётся в пределах одного рода, не распространяясь широко. Это характерно для фамилий, возникших от прозвищ, которые не стали массовыми.

Есть и альтернативная версия: связь с греческим словом «пендика» (πεντικά) — «пять», но она слабая, так как не объясняет вторую часть фамилии. Греческое влияние могло бы проявиться в Приазовье или Крыму, но тогда фамилия скорее имела бы окончание -иди или -пулос.

Правдоподобнее всего рассматривать Пендыкали как тюркско-кавказскую фамилию, где основа «Пенды» восходит к личному имени или прозвищу, а «-кали» — компонент, означающий «сын» или «из рода» в некоторых диалектах. Точное значение сегодня восстановить сложно, но ясно, что предки носителя этой фамилии не были русскими крестьянами или дворянами — их происхождение лежит в иной языковой и культурной среде, скорее всего, в регионе, где смешались тюркские и кавказские традиции имянаречения.