Фамилия Пенейдер — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. Её основа — «пенейд» — не имеет прямых параллелей в славянской лексике, и это сразу подсказывает, что перед нами не исконно русская фамилия, а скорее всего, адаптированная иноязычная. Скорее всего, она восходит к немецкой или еврейской фамилии, записанной на слух русскими чиновниками или переписчиками. В немецком языке существует фамилия Peneider или Peneyder, которая может быть связана с топонимом — названием места, где жил первый носитель. Например, в Баварии есть местечко Пенейд (Peneid), и суффикс -er указывает на выходца оттуда: Пенейдер — «тот, кто из Пенейда».

Другая, менее вероятная версия — что фамилия образована от диалектного немецкого слова, связанного с ремеслом. Корень «Penei» мог быть искажением от «Pfennig» (пфенниг, мелкая монета), и тогда Пенейдер могло означать «меняла» или «сборщик податей», но это предположение требует подтверждения в конкретных записях.

В России фамилия Пенейдер встречается крайне редко, в основном у потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье или на юг страны в XVIII–XIX веках. В метрических книгах лютеранских приходов эта фамилия могла писаться по-разному: Пенейдер, Пенейтер, Пенейдт — из-за особенностей передачи немецких звуков кириллицей. В советское время носители фамилии часто русифицировали окончание, меняя его на -ов или -ин, поэтому исходный вариант сохранился лишь у немногих.

Что касается суффикса, то в русском языке -ер не является типичным фамильным окончанием (как -ов или -ин). Он указывает на заимствование: так оформляли фамилии выходцев из Германии, Прибалтики или Швейцарии. Поэтому, если ваша фамилия Пенейдер, с высокой вероятностью ваши предки были немецкими колонистами, возможно, ремесленниками или крестьянами, которые сохранили свою фамилию в неизменном виде при переезде в Российскую империю.