Фамилия Пинейдер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение нужно искать не в славянских корнях, а в западноевропейских языках. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от немецкого или идишского слова «Peineider» или «Peiniger», что означает «мучитель», «истязатель». В основе лежит немецкое «Pein» (мука, страдание) или глагол «peinigen» (мучить). Звучит мрачно, но в средневековой Европе такие прозвища нередко давали не за жестокость, а по профессии — например, палачу или тюремщику. Впрочем, могло быть и ироничное прозвище для человека с тяжелым характером.

Вторая, менее вероятная версия — связь с еврейской фамилией Пейнедер (Peineder), которая восходит к названию профессии. В идише «pein» иногда означало «боль», а «der» — суффикс деятеля, то есть буквально «тот, кто причиняет боль». Однако в реальности такие фамилии чаще фиксировались у ашкеназских евреев, переселившихся в Российскую империю в XIX веке, и могли быть адаптированы к русскому произношению как Пинейдер.

Что касается суффикса, то в русском языке фамилия сохранила немецкое окончание -er, типичное для профессиональных прозвищ. Она не получила славянских суффиксов (-ов, -ин), что указывает на позднее вхождение в русскую среду и возможное сохранение исходной формы. Географически фамилия встречается в основном в бывших чертах оседлости (Украина, Беларусь, юг России) — там, где оседали немецкие колонисты и еврейские общины.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Пинейдер не упоминается — это говорит о её крайней редкости. Вероятнее всего, носители фамилии — потомки выходцев из немецкоязычных земель или ашкеназских евреев, которые получили фамилию по роду занятий или прозвищу. Точную этимологию без генеалогического исследования конкретной семьи установить трудно, но профессиональная версия выглядит наиболее обоснованной.