Основой фамилии Пинеев послужило церковное имя Пинна. Фамилия Пинеев образована от имени Пиней, являющегося уменьшительной формой очень редких крестильных имён Пинна (в переводе с греческого - «перламутровая раковина») или Пионий (в переводе с греческого - «обильный, тучный»). Вероятно, основатель рода Пинеевых был представителем простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пиней, со временем получил фамилию Пинеев.