Фамилия Пынеев — редкий случай, когда прозвище могло перейти в фамилию почти без изменений, минуя типичные «украшательства» вроде суффикса -ов. Чтобы понять её корень, достаточно произнести слово «пыней» или «пыня». В русских говорах так называли человека, который пыжится, надувается от важности или сердито сопит. В словаре Владимира Даля «пыня» — это «надутый, спесивый человек, гордец». Слово происходит от глагола «пы́нить» — важничать, чваниться, а тот, в свою очередь, от звукоподражательного «пы» (выдох, пыхтение). Так что первый носитель прозвища Пыней был, скорее всего, человеком с характером: не злым, но с претензией, любящим показать себя.

Фамилия образована по модели «прозвище + -ев»: Пыней → Пынеев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или й. Если бы прозвище звучало как Пыня, фамилия была бы Пынин. Но форма Пынеев закрепилась, и это типично для фамилий, возникших от прозвищ с суффиксом -ей (ср. Грачей → Грачев, Соловей → Соловьев). Встречается также вариант без суффикса — просто Пынеев, но это уже результат фамильной записи.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. В переписях XIX века Пынеевы фиксировались в Вятской и Пермской губерниях — регионах, где говор был богат на диалектные слова. Вятские крестьяне, носившие эту фамилию, могли быть потомками того самого «пыни» — местного жителя, получившего прозвище за манеру держаться. Встречается фамилия и в чувашской среде (в Чувашии есть село Пыней), но это, вероятно, омонимия: чувашское «пӑнӑй» означает «густой, частый», и фамилия могла возникнуть от топонима, а не от прозвища.

Словообразовательный разбор прост: корень пыне- (от пыней) и суффикс -ев. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Пы́неев, хотя в разговорной речи иногда смещается на второй. Фамилия недвусмысленно указывает на характер предка — не на профессию, не на место жительства, а на личную черту. В этом её своеобразие: она сохранила живую, почти грубоватую оценку человека, которую дали ему односельчане.