Фамилия Пинеева образована от мужского имени или прозвища Пиней. Чаще всего в основе лежит просторечная форма канонического имени Пинхас (древнееврейское «уста льва»). В русской традиции имя Пинхас не было частым, но встречалось в среде духовенства и в еврейских общинах, а в бытовом общении легко превращалось в Пиней. Соответственно, Пинеевы — потомки человека по имени Пиней.

Словообразовательная модель здесь классическая: основа Пиней + суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Пинея). Фамилия относится к типично русским патронимическим фамилиям, хотя исходное имя имеет иноязычные корни. Важно не путать с фамилией Пинеев (с ударением на первый слог), которая могла образоваться от топонима Пинега (река и населённый пункт на севере России) — в таком случае это была бы фамилия по месту жительства. Но форма Пинеева с ударением на второй слог указывает именно на имя.

Географически фамилия редкая. Встречается в центральных регионах России, единичные упоминания есть в Поволжье. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и выходцами из духовного сословия — именно священники и дьячки чаще давали детям библейские имена, которые потом становились фамилиями.

В написании возможна путаница с «Пинева» — если в документах утеряна одна «е». Но в исходном варианте двойная «е» — результат соединения корня на -ей и суффикса -ев, что типично для фамилий от имён на -ей (Андрей → Андреев, Матвей → Матвеев, Пиней → Пинеев).