Фамилия Панеева — женская форма фамилии Панеев. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Паней, которое могло возникнуть как уменьшительная форма от канонического имени Пантелеймон (в просторечии Пантелей, Пантюша) или от Пафнутий (разговорное Паня). Однако возможен и другой путь: в южнорусских и украинских говорах «паней» с ударением на второй слог означало «пан», то есть барин, помещик, хозяин. Прозвище Паней могли дать зажиточному крестьянину, вольному человеку или тому, кто держался с достоинством, «по-пански».

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Панеев буквально означал «сын Панея» или «человек из рода Панея». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й. Фамилия закрепилась в центральных и южных регионах России, а также встречается у потомков однодворцев — особого сословия, сочетавшего черты крестьян и мелких землевладельцев.

Интересно, что фамилия Панеева нередко соседствует с однокоренными Панин, Панов, Панаев. Но если Панин и Панов восходят к уменьшительным формам имён (Паня, Пан), то Панеева — более редкий вариант с суффиксом -еев. В некоторых архивных записях XIX века встречается написание Панеев через «ѣ» (Панеевъ), что указывает на старую орфографию и возможное произношение с «ё» под ударением.

Таким образом, предки носительницы фамилии Панеева могли быть либо людьми, носившими уменьшительное имя от Пантелеймона, либо теми, кого в округе называли «паней» — за манеры, достаток или вольный статус.