Фамилия Пакеева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь стоит обратить внимание на окончание -ева, которое указывает на принадлежность к женской линии: это форма от мужской фамилии Пакеев. Сама же фамилия, скорее всего, образована от прозвища или имени Пакей.

Корень «Пак-» в русских говорах многозначен. В северных и сибирских диалектах «пак» или «пака» — это наречие со значением «пока», «ещё», но в основе прозвища могло лежать и другое слово. Правдоподобнее всего версия, что Пакей — это усечённая форма крестильного имени Пахомий (в просторечии Пахом). В русской ономастике типично сокращение имён до первого слога или звука: Пахом → Пах → Пакей. Суффикс -ей в данном случае мог быть либо уменьшительно-ласкательным, либо просторечным окончанием, характерным для народных форм имён (сравните: Матвей, Тимофей, но в основе там полные имена, а здесь — сокращение).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками, где «пак» (или «бак») означает «смотри», «гляди». Однако для фамилии, бытующей преимущественно в русскоязычной среде, такое прозвище маловероятно без дополнительных следов тюркского влияния в регионе. Географически фамилия Пакеева встречается в Поволжье и некоторых областях Центральной России, что скорее подтверждает версию с Пахомием: там крестьянские фамилии часто образовывали от обиходных форм канонических имён.

Таким образом, предок носителя фамилии Пакеев, по всей видимости, был человеком по имени Пакей — то есть Пахом, Пахомий. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Пакеев, то есть сын или потомок Пакея. Фамилия фиксирует не столько род занятий, сколько личное имя родоначальника, что типично для массового слоя русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках.