Фамилия Пакеев — редкий случай, когда основа не бросается в глаза. Она образована с помощью типичного патронимического суффикса -ев, который в русской традиции крепился к основам на мягкий согласный или -й. Но что за имя или прозвище скрывается в корне «Пакей»?

Наиболее вероятная версия — происхождение от крестильного имени Пахомий. В русском быту это имя часто сокращали до просторечных форм Пакей или Пакея (ср.: Пахом — Пахомов, но параллельно бытовал и вариант Пакей). Суффикс -ей в таких случаях — не греческий, а народная переделка, где имя «обрусевало» до удобного произношения. Таким образом, Пакеев — буквально «сын Пакея», то есть потомок человека, которого в обиходе звали Пакеем вместо полного Пахомия.

Есть и менее распространённая версия — от прозвища Пакей, которое могло быть связано с диалектным глаголом «пакать» (пачкать, марать) или с тюркским корнем «пак» (чистый, белый), но она слабее: фамилия не характерна для регионов с сильным тюркским влиянием, а прозвищное значение «грязнуля» редко становилось основой для фамилии без дополнительных суффиксов.

Фамилия Пакеев редкая, её географическое ядро — центральные и северные области России (Вологодчина, Архангельская область), где имя Пахомий было особенно почитаемо. Встречаются варианты написания Покеев (с аканьем, отражающим произношение) и Пакеев. Социальный состав носителей в XIX веке — преимущественно крестьяне и мещане, что подтверждает народное, а не книжное происхождение фамилии. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано.