Фамилия Пханеева — редкий случай, когда географический маркер оказывается едва ли не важнее, чем разбор корня. Если отбросить суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Пханеев), то в основе лежит прозвище или имя Пхан.

Самая вероятная версия — осетинские корни. В осетинском языке слово «пхан» или «пхане» может быть связано с понятием «сильный», «могучий», либо с названием местности. В пользу этого говорит и характерный для Кавказа суффикс -ев, который в русской передаче часто заменяет местные патронимические окончания. Фамилия Пханеевы встречается в Северной Осетии, особенно в Дигорском ущелье, где фамилии на -ев — одно из самых распространенных явлений. Предки носителя фамилии, скорее всего, были осетинами-дигорцами, и фамилия образована от личного имени или прозвища родоначальника.

Менее вероятна, но не исключена версия, что основа восходит к тюркскому или арабскому имени. В тюркских языках есть корень «пан» (господин, владыка), который мог трансформироваться в «пхан». Однако осетинская версия выглядит убедительнее из-за устойчивой региональной привязки и типичной для этих мест словообразовательной модели.

С точки зрения морфологии, фамилия Пханеева — женская форма, мужской вариант — Пханеев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Пханéева. В дореволюционной России такие фамилии чаще всего принадлежали крестьянам или горцам, но не дворянам — дворянские роды на Кавказе обычно имели фамилии на -швили, -дзе или -ов с другой огласовкой. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что делает её сугубо родовой, локальной.