Фамилия Пханеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, стоит начать не с предполагаемого прозвища, а с суффикса. Формант -еев указывает на патронимическую модель: фамилия образована от личного имени или прозвища, оканчивающегося на -ей или -ий. В данном случае основа — Пханей (или Пханий).

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них существует корень «пхан» или его варианты, восходящие к слову со значением «князь», «господин», «владыка» (ср. тюркское «бек», «бей» или более позднее «хан»). Фонетический переход «б/п» в начале слова — явление нередкое в диалектах и при заимствованиях. Таким образом, Пханей могло быть прозвищем или почётным именем, которое давали человеку за властность, богатство или знатное происхождение. В таком случае Пханеев буквально означает «сын Пханея», то есть потомок человека, которого называли князьком или господином.

Вторая, менее распространённая гипотеза, выводит фамилию из осетинского или иранского языкового субстрата. В осетинском есть слово «фхæн» (или близкое по звучанию), связанное с понятиями «польза», «добро», «благо». Тогда Пханей могло быть личным именем-пожеланием, означающим «благой», «счастливый». Эта версия имеет право на существование, учитывая, что фамилии на -еев характерны для народов Северного Кавказа, в том числе осетин, но для неё меньше прямых лингвистических параллелей, чем для тюркской.

Географически фамилия Пханеев тяготеет к югу России и Северному Кавказу. Встречается она в основном среди осетин, кабардинцев и других народов региона, а также у русских, издавна живших в соседстве с ними. Это подтверждает, что фамилия не славянская по корню, а была заимствована в русский язык через межнациональные контакты. Исторически предки носителей фамилии могли быть станичниками, казаками или горцами, принявшими православие и получившими фамилию по отцу.

Словообразовательная модель здесь проста: основа Пханей + суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Фамилия не склоняется по женскому роду в форме Пханеева, но в мужском варианте подчиняется обычным правилам русской грамматики. Из-за редкости фамилии точных сведений о сословной принадлежности её носителей нет, но тюркский корень указывает на возможную связь со служилым или даже аристократическим слоем.